Etimología

Según el historiador chileno Robustiano Vera (1899), Honduras debe su nombre a las honduras o fondos, que los primeros pilotos hallaron en sus costas y porque al abandonarlas exclamaron: ¡líbrenos Dios de estas honduras!" Durante la época de la conquista, el territorio hondureño, también fue conocido por los nombres de Hibueras o Higüeras, y algunos españoles llegaron a llamarle 'Nueva Extremadura'.
En 1858, el arqueólogo norteamericano, Ephraim George Squier en su libro "Los Estados de América Central" relata que Hernán Cortés, inspirado en las noticias recibidas acerca de la existencia "de los reinos vastos y poblados al sur del imperio de Moctezuma... emprendió una expedición a Honduras, que en ese momento era llamado Hibueras o Higueras.
Por otro lado, el geográfo francés Elisée Reclus en 1891, asegura que el nombre de Honduras, data de los tiempos del descubrimiento. Según Reclus, Colón en 1502 corrió grandes riesgos, cuando navegó entre los cabos Caxinas y Gracias a Dios. Sin embargo, el francés asegura que "el nombre actual de Honduras fue dado a la costa no por Colón, sino por Bartolomé de las Casas, que en su descubrimiento de las Indias Occidentales por los españoles, habla de la tierra de "Hondure", como si ese nombre era de origen indio".
De acuerdo a Reclus, "veinte años más tarde, en la famosa expedición hecha por Hernán Cortés, a través de Yucatán, el territorio hondureño, era conocido por los españoles con el nombre de Hibueras o Higueras, y también había sido llamado "Nueva Extremadura".

Conquista

Gil González Dávila, primer conquistador de Honduras

Hernán Cortés, fue uno de los conquistadores de Honduras

Desde su descubrimiento, el territorio de Honduras se mantuvo intacto, hasta marzo de 1524, cuando Gil González Dávila se convirtió en el primer español en arribar a Honduras con propósitos de conquista. Éste fundó la villa de San Gil de Buena Vista y se internó en territorio hondureño pacificando a los aborígenes, luchando contra los españoles que le disputaban el territorio, así como también; esperanzado en encontrar el desaguadero del lago de Nicaragua. Luego, Hernán Cortés movido por los informes que había recibido sobre la gran riqueza del país, envió dos expediciones; una por tierra y otra por mar. Encargó la primera a Pedro de Alvarado y la segunda a Cristóbal de Olid. Pero este último, le traicionó. Por este motivo, Cortés salió de México, a la cabeza de una expedición que duró cerca de dos años y terminó, tras miles de peligros y privaciones, en Trujillo.
Al llegar a Honduras, Cortés introdujo el ganado y fundó la ciudad de Natividad de Nuestra Señora, cerca de Puerto Caballos. El 25 de abril de 1526, antes de regresar a México, Cortés, nombró a Hernando de Saavedra, gobernador de Honduras y dejó instrucciones de darles buen trato a los indígenas.El 26 de octubre 1526, Diego López de Salcedo, fue nombrado por el emperador como gobernador de Honduras, en substitución de Saavedra. La siguiente década estuvo marcada por las ambiciones personales de los gobernantes y los conquistadores interfiriendo con la organización gubernamental. Los colonos españoles se rebelaron en contra de sus líderes, y los indios se rebelaron contra sus patrones, y contra los malos tratos.
Salcedo, en procura de enriquecerse, tuvo serios enfrentamientos con Pedrarias, gobernador de Castilla del Oro, quien por su lado, deseaba a Honduras como parte de sus dominios. En 1528 Pedrarias, arrestó a Salcedo y le obligó a ceder parte del territorio hondureño, pero el emperador rechazó el acuerdo. Luego de la muerte de Salcedo en 1530, los colonos se convirtieron en árbitros del poder. Ponían y sacaban gobernadores. Ante esta situación, los colonos solicitaron a Pedro de Alvarado poner fin a la anarquía. Con la llegada de Alvarado en 1536, el caos disminuyó, y la región quedó bajo autoridad.
En 1537, Francisco de Montejo fue nombrado gobernador. Al llegar a Honduras, anuló las reparticiones de tierras hechas por Alvarado. Su capitán, Alonso de Cáceres, fue el responsable de sofocar la revuelta india de 1537 y 1538, dirigido por el cacique Lempira. En 1539 Montejo y Alvarado tuvieron serios desacuerdos sobre la región lo cual, llamó la atención de la Consejo de Indias. Montejo se fue a Chiapas, y Alvarado se convirtió en gobernador de Honduras.